特定口座年間取引報告書に記載されている配当所得・利子所得について、申告するかしないかの選択は別々に行うことはできず、配当所得・利子所得を両方まとめて申告するかしないかを選択しなければなりません。
配当所得 ・・・ 特定口座年間取引報告書の④から⑧に記載されている金額
利子所得 ・・・ 特定口座年間取引報告書の⑩から⑭に記載されている金額
です。
この点についてどの法律に根拠があるのかを確認しました。
租税特別措置法 第37条の11の6 源泉徴収選択口座内配当等に係る所得計算及び源泉徴収等の特例 の第9項に、
9 居住者又は恒久的施設を有する非居住者が有する源泉徴収選択口座内配当等についての第8条の5第1項の規定の適用は、同条第4項の規定にかかわらず、第1項の規定により計算されたその年中に交付を受けた源泉徴収選択口座内配当等（その者が2以上の源泉徴収選択口座において源泉徴収選択口座内配当等を有する場合には、それぞれの源泉徴収選択口座において有する源泉徴収選択口座内配当等）に係る利子所得の金額及び配当所得の金額の合計額ごとに行うものとする。
とあります。
ここに書かれている「第8条の5第1項の規定」というのは、「確定申告を要しない配当所得等」についての規定です。
これにより、配当所得・利子所得の申告する・しないの選択は、別々に行うことはできないことになります。
「申告する」を選択した場合に、配当所得の課税方法については総合課税・申告分離課税を選択することができます。利子所得の課税方法については、申告分離課税しかできません。
→ 国税庁 利子所得と配当所得の課税方法
以上をまとめると、特定口座の配当所得・利子所得の申告については、
の3パタンに分けられます。